Sim. Caso você seja usuário do Ubuntu já deve ter notado isso, principalmente se também é ou já foi usuário de Windows. Isso não acontece somente no Ubuntu, mas também nas distros Linux Mint e Debian.
Porquê isso ocorre?
No ambiente gnome, quando excluímos um arquivo de um disco (pode ser um pendrive, HD externo, outra partição, MP4, etc), o mesmo cria um diretório usado como "lixeira", se após você excluir um arquivo verificar nas propriedades do disco verá que o espaço usado diminuiu, porém o espaço disponível permanece o mesmo de antes da exclusão do arquivo.
Como resolver?
Por padrão, esta pasta fica oculta na raiz do próprio disco com o nome ".Trash", basta ativar a visualização dessa pasta (Ctrl + H) e excluí-la.
