Abra o terminal (Ctrl + Alt + T ou pelo dash) e digite:
setxkbmap -model abnt2 -layout brAo executar o comando, a configuração de teclado mudará imediatamente, porém o problema não chegou ao fim ainda. Quando você reinicia o sistema ele volta a não identificar seu teclado corretamente, mas, como tudo no mundo linux tem resolução, faça o seguinte:
Vá em "Aplicativos de Sessão" e adicione o comando acima na inicialização, assim o teclado sempre ficará configurado corretamente, não importando se você reiniciou ou não a máquina.














